補助金と交付金の違いを体系的に整理｜申請実務の完全ガイド

最終更新日: 2026年2月

自治体が国から財源を獲得する手段として、補助金・交付金の活用は不可欠である。しかし、「補助金」と「交付金」の法的性質の違い、申請手続きの差異、精算時の注意点を正確に理解している職員は決して多くない。

本記事では、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第179号。以下「補助金適正化法」） を基軸に、自治体が国に対して補助金・交付金を申請する際の実務を体系的に解説する。

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補助金・交付金の基本体系

国庫支出金の全体像（負担金・補助金・委託費）

国から地方公共団体に交付される資金は、総称して 「国庫支出金」 と呼ばれる。国庫支出金は、その法的性質と目的に応じて以下の3類型に大別される。

実務上のポイント: 国庫負担金は法律に基づく義務的経費であるため比較的安定した財源となるが、国庫補助金は国の政策判断により増減するため、中長期の財政計画では留意が必要である。

補助金と交付金の法的根拠の違い

「補助金」と「交付金」は日常的に混同されやすいが、法的な位置づけと自治体の裁量の幅に明確な違いがある。

参考: 総務省「地方財政白書」用語解説によれば、交付金とは「法令又は条例、規則等により、団体あるいは組合等に対して地方公共団体の事務を委託している場合において当該事務処理の報償として支出する一方的な交付」と定義されている（出典: 総務省 用語の説明）。

補助金適正化法の適用範囲

補助金適正化法は、国が交付する補助金等の予算執行の適正化 を目的とする法律であり、自治体が国の補助金を受ける際に遵守すべき基本法である。

適用対象（第2条）:
– 補助金
– 負担金（国庫負担金のうち補助金適正化法の適用があるもの）
– 利子補給金
– その他相当の反対給付を受けない給付金であって政令で定めるもの

主要条文の構成:

出典: 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（e-Gov法令検索）

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補助金申請の実務フロー【7ステップ】

自治体が国の補助金を申請し、受領するまでの標準的な手続きは、以下の7ステップで構成される。

[STEP1] 公募情報の確認
    ↓
[STEP2] 事業計画書・申請書の作成
    ↓
[STEP3] 交付申請と審査
    ↓
[STEP4] 交付決定（※事前着手は原則不可）
    ↓
[STEP5] 事業実施と経理処理
    ↓
[STEP6] 実績報告と額の確定
    ↓
[STEP7] 補助金の受領と消費税の取扱い

STEP1：公募情報の確認（jGrants・各省庁HP）

補助金申請の第一歩は、適切な補助金・交付金プログラムの探索である。

主要な情報源:

1. jGrants（Jグランツ）: デジタル庁が運営する補助金電子申請システム。2020年4月に経済産業省が提供を開始し、現在は年間約60万件の申請を処理している。キーワード検索で補助金を探し、オンラインで24時間申請可能（出典: jGrants公式サイト）。
2. 各省庁ホームページの公募情報: 国土交通省、厚生労働省、総務省等の各省庁が個別に公募情報を掲載。
3. 地方支分部局（地方整備局、財務局等）からの通知: 都道府県を経由して市町村に公募情報が伝達されるケースも多い。

jGrants利用の注意点:
– 申請にはGビズID（gBizID Primeアカウント）が必要。発行には約1週間を要するため、公募開始前に取得しておくことが望ましい。
– 2026年1月時点でマニュアルが更新されており、最新の操作手順を確認すること（出典: jGrants事業者クイックマニュアル 2026年1月版）。
– 全ての補助金がjGrantsに対応しているわけではない。省庁独自の申請システムを使用する場合もある。

STEP2：事業計画書・申請書の作成

交付申請に先立ち、事業計画書を策定する。補助金適正化法第5条は、交付の申請について以下のとおり定めている。

「補助金等の交付の申請をしようとする者は、政令で定めるところにより、補助事業等の目的及び内容、補助事業等に要する経費その他必要な事項を記載した申請書に各省各庁の長が定める書類を添えて、各省各庁の長に提出しなければならない」（補助金適正化法第5条第1項）

申請書に記載すべき主要項目:

実務上のコツ: 積算根拠は可能な限り詳細に記載する。「一式○○円」のような概算記載は、審査段階で減額査定の対象となりやすい。見積書は原則2社以上取得し、比較検討の過程を記録として残すことが望ましい。

STEP3：交付申請と審査

申請書の提出後、各省庁において審査が行われる。

審査の観点（一般的な例）:
– 事業の必要性・緊急性
– 事業計画の妥当性・実現可能性
– 経費積算の合理性
– 過去の補助事業の実績
– 他の財源との重複がないこと

補助金適正化法第6条に基づき、各省庁の長は「補助金等の交付の申請があつたときは、当該申請に係る書類等の審査及び必要に応じて行う現地調査等により、当該申請に係る補助金等の交付が法令及び予算で定めるところに違反しないかどうか、補助事業等の目的及び内容が適正であるかどうか、金額の算定に誤りがないかどうか等を調査」した上で、交付決定を行う。

STEP4：交付決定と事前着手の注意点

審査を通過すると、交付決定通知 が発出される。

交付決定通知に記載される主な事項:
– 交付決定額
– 交付条件（補助金適正化法第7条に基づく）
– 事業の実施期間
– 経費の配分（費目ごとの上限額）

事前着手の原則禁止:

補助金適正化法上、交付決定前の事業着手（事前着手）は原則として認められない。交付決定前に発注・契約・支払いを行った経費は、原則として補助対象外となる。

ただし、一部の補助金では「事前着手届」を提出することで、交付決定前の着手が認められる場合がある。事前着手届が認められるかどうかは、個別の交付要綱を必ず確認すること。

注意: 事前着手が認められる場合でも、交付決定がなされなければ全額自己負担となるリスクがある。財政課との事前協議を必ず行うこと。

STEP5：事業実施と経理処理

交付決定後、事業を実施する段階の経理処理は、会計検査院の検査対象となる最も重要な部分である。

経理処理の基本原則:

1. 区分経理: 補助事業に係る収入・支出は、他の事業と明確に区分して経理する。
2. 証拠書類の整備: 契約書、請求書、領収書、検収調書等を整備し、補助事業完了後5年間保存する（補助金適正化法施行令に基づく）。
3. 費目間流用の制限: 交付決定時の経費の配分を変更する場合は、事前に変更承認申請が必要。一般的に、各配分額の10%以内の流用増減 を除き、各省庁の長の事前承認を要する（出典: 経済産業省 補助事業事務処理マニュアル）。
4. 概算払: 事業の性質上、完了前に資金が必要な場合、概算払の請求が可能。ただし交付決定額の1割以上を留保する場合がある。

費目間流用の可否判断フロー:

費目間流用が発生
  ↓
各配分額の10%以内か？
  ├─ YES → 流用可能（事後報告で足りる場合が多い）
  └─ NO → 変更承認申請が必要
          ↓
        計画変更承認申請書を提出
          ↓
        各省庁の長が承認
          ↓
        変更後の配分で執行

出典: 競争的資金に関する関係府省連絡会「費目間流用ルールの統一化について」（平成26年3月14日申し合わせ）

STEP6：実績報告と額の確定

事業完了後、補助金適正化法第14条に基づき実績報告書を提出する。

「補助事業者等は、各省各庁の長の定めるところにより、補助事業等が完了したとき（中略）は、補助事業等の成果を記載した補助事業等実績報告書に各省各庁の長の定める書類を添えて、各省各庁の長に報告しなければならない」（補助金適正化法第14条第1項）

実績報告書の主要な記載事項:
– 事業の実施結果（成果の概要）
– 収支決算（費目ごとの実績額）
– 成果指標（KPI）の達成状況
– 証拠書類一式

額の確定（第15条）:

実績報告を受けた各省庁の長は、「報告書等の書類の審査及び必要に応じて行う現地調査等により、補助事業等の成果が補助金等の交付の決定の内容及びこれに附した条件に適合するものであるかどうかを調査」し、適合すると認めたときに交付すべき補助金等の額を確定する。

確定額と交付決定額の関係:
– 実績額が交付決定額以下の場合: 実績額に基づき確定（減額確定）
– 実績額が交付決定額を超過した場合: 交付決定額が上限（超過分は自治体負担）

STEP7：補助金の受領と消費税の取扱い

額の確定後、精算払（または概算払の場合は精算）により補助金を受領する。

消費税の仕入控除税額報告:

補助金で取得した物品・サービスの消費税について、仕入税額控除を受けた場合は 「消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書」 を提出しなければならない。

• 報告期限: 補助事業完了日の属する年度の翌々年度の6月30日まで
• 報告が不要な場合: 消費税の免税事業者、簡易課税方式を適用している場合、補助対象経費が全て非課税仕入の場合
• 返還義務: 報告の結果、仕入控除税額に相当する金額の全部又は一部を国に返還する必要がある場合がある
• 返還額が0円の場合: 0円であっても報告書の提出自体は必要

実務上の注意: 自治体の場合、消費税法第60条第4項の特定収入に係る仕入控除税額の調整が適用される。一般会計は消費税の申告義務がないが、特別会計については確認が必要である（出典: 国税庁 No.6495 特定収入がある場合の仕入控除税額の調整）。

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交付金の申請実務（地方創生推進交付金を例に）

交付金ごとの申請要件の違い

2025年度以降、「地方創生2.0」の旗印のもと、従来の「デジタル田園都市国家構想交付金」は 「新しい地方経済・生活環境創生交付金（第2世代交付金）」 に再編された。以下に主要な交付金の比較を示す。

第2世代交付金の申請要件（令和7年度）:

• 地域再生計画の認定: 申請にあたり、内閣総理大臣への地域再生計画の認定申請が必要（出典: 内閣府 新しい地方経済・生活環境創生交付金）
• 重点テーマへの対応: 「生活環境の創生」「地方経済の創生」「若者・女性に選ばれる地域」の3テーマ
• KPI設定の義務化: アウトプット指標（活動量）とアウトカム指標（住民への効果）の両方を設定
• デジタル実装の活用: デジタル技術の活用が推奨される

出典: ジチタイワークスWEB「令和7年度版 地方創生交付金の一覧と最新の変更点」

KPI設定と成果報告の実務

交付金の申請においては、KPI（重要業績評価指標）の設定が制度上必須とされている。

KPI設定の基本原則:

1. SMART原則の適用: Specific（具体的）、Measurable（測定可能）、Achievable（達成可能）、Relevant（関連性がある）、Time-bound（期限がある）
2. 2層構造の設定: アウトプット指標（事業の直接的な成果）とアウトカム指標（住民・地域への最終的な効果）の両方を設定
3. 3カ年計測・公表の義務化: 令和7年度以降、KPIの計測結果と改善方策を3年間にわたり公表することが必須

KPI設定の具体例:

成果報告と効果検証の流れ:
1. 事業実施年度の翌年度に効果検証を実施
2. 検証結果と改善方策を地方版総合戦略等に反映
3. 議会・住民への公表（報告様式は令和7年度に見直し済み）

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精算手続きの注意点と会計検査院の指摘事例

費目間流用の可否と事前承認

精算手続きにおいて最も注意すべき事項の一つが、費目間流用 の取扱いである。

費目間流用に関する基本ルール:

注意: 上記の比率は一般的な目安であり、個別の補助金交付要綱によって異なる。必ず該当する交付要綱を確認すること。

変更承認申請の手順:
1. 変更理由書の作成（やむを得ない理由を具体的に記載）
2. 変更後の収支予算書の作成
3. 所管省庁への変更承認申請書の提出
4. 承認通知の受領後に変更後の配分で執行

過去の指摘事例から学ぶ典型的なミス

会計検査院は毎年度の決算検査報告において、補助金に関する不当事項を指摘している。以下に、自治体に関連する代表的な指摘パターンを示す。

指摘事例1：補助対象外経費の計上

令和5年度決算検査報告では、10県・11市町村・1団体の計22事業主体が実施した防災・安全交付金事業等において、国庫補助金約6億1,781万円が不当と認められた。主な原因は、補助対象外の経費を補助対象経費に含めて過大に申請していたことである（出典: 会計検査院 令和5年度決算検査報告）。

指摘事例2：交付金事業の事業費確認の不備

交付金事業において、事業主体が事業費等の確認を十分に行わなかったことにより、交付金が過大に交付されていた事例が複数報告されている。令和5年度決算検査報告においても、9件の不当事項が掲記された。

指摘事例3：IT導入補助金における不正受給

2024年に会計検査院が指摘した事例として、中小企業基盤整備機構が所管するIT導入補助金において、38事業者が虚偽申請等により計約1億3,600万円を不正受給していたことが判明した。補助金を過大に請求し、資金が還流する不正スキームが多数発見された（出典: 日本経済新聞 2024年10月報道）。

典型的な指摘パターンのまとめ:

補助金返還の事例とリスク管理

補助金適正化法第17条に基づく交付決定の取消し、および第18条に基づく返還命令が発動された場合、自治体には以下の財政的リスクが生じる。

返還に伴う加算金・延滞金（補助金適正化法第19条）:

重要: 加算金は単なる利息ではなく、行政罰としての制裁的賦課金 の性格を有する。年10.95%という高率は、不正受給に対する強い抑止効果を意図したものである。

返還リスクの管理体制:

1. 内部統制の強化: 補助事業担当課と財政課・会計課による二重チェック体制の構築
2. 証拠書類の適時整備: 事業実施と同時並行で帳票類を整備し、後追い作業を防止
3. 所管省庁との密な連携: 疑義が生じた場合は、独自判断を避け、速やかに所管省庁に照会
4. 監査指摘事項のフォロー: 内部監査・外部監査の指摘事項について、改善措置を確実に実行

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よくある失敗パターンと対策（FAQ）

Q1：交付決定前に事業に着手してしまった場合、補助対象となるか？

A: 原則として、交付決定前の着手に係る経費は補助対象外となる。ただし、一部の補助金では「事前着手届」の制度が設けられており、届出が受理された場合に限り、届出日以降の経費が補助対象となることがある。交付決定前に事業を開始する必要がある場合は、必ず事前に所管省庁に相談し、事前着手届の可否を確認すること。なお、事前着手届が受理されても交付決定が保証されるわけではなく、不採択の場合は全額自己負担となるリスクがある。

Q2：補助事業の期間中に計画内容を変更したい場合、どのような手続きが必要か？

A: 補助金適正化法第7条に基づく交付条件として、補助事業の内容の変更には事前承認が必要とされている。軽微な変更（費目間の10%以内の流用等）を除き、計画変更承認申請書 を所管省庁に提出し、承認を得た上で変更を行う必要がある。無断での計画変更は、交付決定の取消し（第17条）および返還命令（第18条）の原因となり得る。変更の必要が生じた場合は、可能な限り早期に所管省庁に相談すること。

Q3：年度末までに事業が完了しない場合、繰越しは可能か？

A: 国の補助金は会計年度独立の原則（財政法第12条）が適用されるため、原則として当該年度内に完了する必要がある。ただし、やむを得ない理由（天災、資材の入手困難、用地交渉の難航等）がある場合は、財務大臣の承認を得て 繰越明許費 として翌年度に繰り越すことが可能である（財政法第14条の3）。繰越手続きは年度末に近づくと間に合わなくなるため、事業の遅延が見込まれた時点で速やかに所管省庁および財務局に相談する必要がある。事故繰越し（財政法第42条ただし書）も制度上は存在するが、要件が厳格であり、安易に期待すべきではない。

Q4：消費税の仕入控除税額報告を忘れた場合のペナルティは？

A: 仕入控除税額報告書の提出は補助金交付条件の一部であり、報告を怠った場合、交付条件違反として交付決定の取消し・返還命令の対象となり得る。報告期限は補助事業完了日の属する年度の翌々年度の6月30日までである。返還額が0円であっても報告書の提出自体は必要であることに留意すること。報告漏れを防止するため、事業完了時に報告期限をカレンダーに登録し、経理担当課と共有しておくことを推奨する。

Q5：会計検査院の実地検査を受ける場合、どのような準備が必要か？

A: 会計検査院法第25条に基づき、会計検査院は必要と認めるときに実地検査を行う。検査の通知は通常2〜3週間前に届く。準備すべき事項は以下のとおりである。

1. 証拠書類の整理: 交付決定通知書、契約書、見積書、請求書、領収書、検収調書、写真等を時系列で整理
2. 経理帳簿の確認: 補助事業に係る収支が正確に記帳されているか確認
3. 成果物の確認: 整備した施設・設備等が交付申請どおりに存在し、使用されているか現地確認
4. 担当者の確保: 事業内容を説明できる職員（現担当者及び可能であれば前任者）を確保
5. 関連規程の確認: 自治体の財務規則、契約規則等との整合性を確認

ポイント: 会計検査院の検査官は書類の形式だけでなく、事業の実態を重視する。「なぜこの事業が必要だったのか」「なぜこの業者を選定したのか」等、事業判断の根拠を合理的に説明できるよう準備すること。

Q6：補助金と交付金では、自治体側の事務負担はどちらが大きいか？

A: 一般に、個別の補助金は費目ごとの経理や細かな変更手続きが求められるため事務負担が大きい傾向がある。一方、交付金は一定の枠内で自治体の裁量が認められるため、事務処理の柔軟性が高い。ただし、交付金であっても KPIの設定・達成報告・効果検証が義務化されており、成果管理の面での事務負担は増加傾向にある。どちらが負担が大きいかは、事業の規模・性質や所管省庁の運用によって異なるため、一概には言えない。

Q7：補助金の不正受給が発覚した場合、自治体職員個人の責任はどうなるか？

A: 補助金適正化法第29条〜第32条には罰則規定が設けられている。偽りその他不正の手段により補助金等の交付を受け、又は間接補助金等の交付若しくは融通を受けた者は、5年以下の懲役若しくは100万円以下の罰金 に処せられる（第29条第1項）。自治体職員が故意に虚偽の申請を行った場合は刑事責任を問われる可能性がある。また、地方公務員法上の懲戒処分（免職、停職、減給、戒告）の対象ともなる。過失による場合でも、組織としての管理責任が問われ、再発防止策の策定を求められるのが通常である。

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まとめ

補助金・交付金の申請実務は、補助金適正化法を中心とする法令体系の正確な理解と、各省庁の交付要綱に基づく細やかな手続き遵守が求められる。特に以下の3点を常に意識することが、適正な執行と会計検査院の指摘回避につながる。

1. 交付要綱の熟読: 補助対象経費、補助率、費目間流用のルール、報告期限等は全て交付要綱に規定されている
2. 証拠書類の適時整備: 事後的な帳票整備は不備・不整合の温床となる。事業実施と同時並行での整備を徹底する
3. 所管省庁との早期相談: 疑義や変更の必要が生じた場合は、独自判断を避け、速やかに相談する

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参考法令・出典一覧

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免責事項: 本記事は2026年2月時点の法令・制度に基づき、一般的な情報提供を目的として作成したものである。個別の補助金・交付金の申請にあたっては、必ず該当する交付要綱および所管省庁の最新の通知・ガイドラインを確認されたい。本記事の内容に基づく判断・行動により生じたいかなる損害についても、筆者は責任を負わない。具体的な法的判断が必要な場合は、所管省庁への照会または専門家への相談を推奨する。