2026年10月1日、インボイス制度の経過措置が変わる。これまで免税事業者からの仕入れに80%の仕入税額控除が認められていたが、70%に縮小される（令和8年度税制改正大綱により、その後は50%→30%→0%と段階的に縮小。完全廃止は2031年10月）。
freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ツールを使っている事業者は、この変更に合わせたツール側の設定見直しが必要だ。放置すると消費税の計算が10月以降ずれてしまう。本記事では、ツール別の具体的な対応方法を解説する。
インボイス経過措置のおさらい（2026年現在）
2026年10月の変更点（Before/After）
| 〜2026年9月末（変更前） | 2026年10月〜（変更後） | |
|---|---|---|
| 免税事業者からの仕入れ控除割合 | 80% | 70% |
| 実質負担（消費税10万円分の仕入れの場合） | 2万円（100%−80%） | 3万円（100%−70%） |
| ツール設定 | 経過措置80%控除 | 経過措置70%控除 ← 要変更 |
経過措置スケジュール（令和8年度税制改正大綱ベース）:
| 期間 | 免税事業者からの仕入れの控除割合 |
|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月末 | 80% 控除可能 |
| 2026年10月〜2028年9月末 | 70% 控除可能 |
| 2028年10月〜2030年9月末 | 50% 控除可能 |
| 2030年10月〜2031年9月末 | 30% 控除可能 |
| 2031年10月以降 | 0%（控除なし） |
影響を受ける取引の例：
– フリーランスや個人事業主（免税事業者）への外注費
– 免税事業者の不動産オーナーへの家賃支払い
– インボイス未登録の取引先からの仕入れ
freeeでの対応方法
1. 取引先の登録情報を確認・更新
freeeでは、取引先ごとにインボイス登録番号（T+13桁）を登録することで自動的に適切な税区分が設定される。
操作手順：
1. 「取引先」画面を開く
2. 免税事業者または未確認の取引先を選択
3. 「適格請求書発行事業者」欄でステータスを確認
4. 登録番号がない場合は「登録番号なし（免税事業者等）」を選択
2. 仕入税額控除の税区分設定
免税事業者からの仕入れには、専用の税区分を使う。
| 期間 | 使用する税区分（freee） | 仮払消費税の取扱い |
|---|---|---|
| 〜2026年9月末 | 課税仕入（80%控除） | 仮払消費税 × 80% |
| 2026年10月〜 | 課税仕入（70%控除） | 仮払消費税 × 70% |
freee操作手順（2026年10月以降の設定変更）：
1. 「設定」→「消費税設定」を開く
2. 「経過措置の仕入税額控除割合」を80%→70%に変更
3. 変更の適用開始日を「2026年10月1日」に設定
4. 設定を保存
注意： freeeは自動的にアップデートで対応する場合もあるが、手動確認を推奨。公式のアップデート情報を2026年9月時点で必ず確認すること（中信頼度：ツールのUIはバージョンにより異なる）。
3. 2026年10月をまたぐ仕入れの処理
10月1日をまたいで請求書の発行日と支払日が異なる場合：
– 仕入れの計上日基準：原則、役務提供を受けた日（検収日等）が基準
– 9月提供 → 10月請求：80%控除を適用
– 10月提供 → 9月請求：70%控除を適用（注意が必要）
4. freeeの自動仕訳とチェック
freeeは銀行連携で自動仕訳する機能がある。免税事業者への支払いが自動で70%控除で仕訳されるよう、取引先の設定が正しいか確認することが重要。定期的に「消費税集計表」で控除額が正しく計算されているかチェックしよう。
マネーフォワードクラウド会計での対応方法
1. 取引先・仕入先の登録と適格事業者区分
操作手順：
1. 「マスタ管理」→「取引先」を開く
2. 各取引先の「適格請求書発行事業者区分」を確認
3. 免税事業者（インボイス未登録）には「非適格」を設定
4. 登録番号がある取引先には番号を入力
2. 仕訳時の税区分設定
マネーフォワードでは仕訳登録時に税区分を選択する。
| 取引内容 | 推奨税区分 |
|---|---|
| 適格請求書発行事業者からの仕入れ | 課税仕入（標準10%等） |
| 免税事業者からの仕入れ（〜2026年9月） | 課税仕入（80%控除経過措置） |
| 免税事業者からの仕入れ（2026年10月〜） | 課税仕入（70%控除経過措置） |
設定変更のタイミング： マネーフォワードも自動対応を予定しているが、2026年9月末時点で公式サポートページの案内を確認し、必要に応じて手動設定を行う。
3. 消費税申告書の出力確認
決算・申告時には「消費税申告書」の出力結果を必ず確認する。
チェックポイント：
– 付表2「課税仕入れに係る消費税額の計算表」の「経過措置80%控除」「経過措置70%控除」の区分が正しいか
– 免税事業者からの仕入れ合計が正しく集計されているか
両ツール共通の実務上の注意点
請求書の受取・保管
インボイス制度では、適格請求書（インボイス）の7年間保存が義務。クラウド会計ツールのスキャン保存機能・電子取引データ保存機能を活用する。
電子取引データ保存要件（2024年1月以降の義務）：
– タイムスタンプ付与 or ツール上での保存
– 日付・金額・取引先名による検索機能の確保
– freee・マネーフォワード共にこの要件を満たす機能を提供
仕入先に発行を求めるか・求めないかの判断
免税事業者の取引先（フリーランス等）に対して、インボイス登録を求めるか否かは事業上の判断。ただし、登録を強要することや、登録しないことを理由に一方的な値下げを要求することは独占禁止法・下請法上の問題になりうる。
2026年10月以降は控除割合が70%になるため、仕入先の税込金額の10%（消費税相当額）のうち30%は自社負担となる。影響額を試算した上で取引条件を検討しよう。
経過措置の影響試算（簡易版）
例：月額10万円（税込110,000円）の外注費（免税事業者への支払い）
| 時期 | 控除できる仕入税額 | 実質負担の差額（2023年比） |
|---|---|---|
| 〜2026年9月末 | 10,000円 × 80% = 8,000円 | −2,000円 |
| 2026年10月〜2028年9月 | 10,000円 × 70% = 7,000円 | −3,000円 |
| 2028年10月〜2030年9月 | 10,000円 × 50% = 5,000円 | −5,000円 |
| 2030年10月〜2031年9月 | 10,000円 × 30% = 3,000円 | −7,000円 |
| 2031年10月以降 | 0円 | −10,000円 |
月額10万円の外注費でも、2031年以降（控除ゼロ）になると年12万円の消費税コストが追加される。2026年10月以降は段階的に負担が増えるため、取引規模が大きい場合は早めの取引見直し・価格交渉が必要だ。
まとめ
2026年10月のインボイス経過措置縮小に向けて、クラウド会計ツールの設定確認と、免税事業者との取引量の把握が急務だ。
やること（2026年9月末までに）：
1. freee・マネーフォワードで取引先の「適格事業者区分」を整備
2. 免税事業者からの仕入れ金額を集計し、コスト影響を試算
3. ツールの自動アップデート情報を公式サイトで確認
4. 必要に応じて取引先との条件見直し
本記事は2026年4月時点の情報に基づいています。クラウド会計ツールの操作・仕様はバージョンアップにより変更される場合があります。消費税の実務対応については税理士にご確認ください。
