医療法人の2026年制度改正を完全整理｜認定医療法人・MCDB・地域医療連携推進法人の実務対応

最終更新日: 2026年10月4日

医療法人の設立は、医療法（昭和23年法律第205号）に基づく都道府県知事の認可を要する手続きであり、一般的な法人設立（登記のみで成立する株式会社等）とは大きく異なる。本記事では、社団医療法人・財団医療法人の制度的な違い、持分あり・持分なしの区分、設立認可の実務フロー、必要書類、定款変更認可申請、合併・分割・解散の手続き、社会医療法人・特定医療法人の要件までを体系的に解説する。行政書士、医療経営コンサルタント、医療機関の事務担当者など、医療法人の設立・運営に関わる実務者を対象とした内容である。

医療法人が運営する医療機関には、法人設立とは別に施設基準の届出・定例報告の実務も生じる。詳しくは【令和8年度】施設基準届出と定例報告(8月1日)ガイド｜地方厚生局別対応表で解説している。

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医療法人制度の概要と法的根拠

医療法人とは

医療法人とは、医療法第39条に基づき、病院、医師もしくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設または介護医療院の開設を目的として設立される法人である。医療法人制度は、医業の非営利性を確保しつつ、医療機関の経営基盤の安定化と医療の継続性を図ることを目的とする制度である。

医療法人は、その組織形態により社団医療法人と財団医療法人に大別される（医療法第39条第1項）。

医療法人制度の主要な法的根拠

医療法人の非営利性

医療法人は、医療法第54条により剰余金の配当が禁止されている。この非営利性の原則は、医療法人制度の根幹をなすものであり、医療法人の事業により生じた剰余金は、施設の整備、医療従事者の待遇改善、医療の質向上などに再投資されなければならない。

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医療法人化の判断フローチャート

個人で医療機関を開設している医師・歯科医師が、医療法人化すべきかどうかを判断するためのフローチャートである。法人化にはメリットとコスト・管理負担の増加があり、個別の事情に応じた検討が必要である。

Q1: 個人事業の課税所得（売上−必要経費）はどの程度か？

• 大きい → 所得税の累進課税と法人税の定率課税の差から、法人化の税制メリットが大きくなりやすい → Q2へ
• 中程度 → メリットはあるが、コスト増との比較が必要 → Q2へ
• 小さい → 法人化のコスト（設立費用・運営管理負担）がメリットを上回る可能性 → 慎重に検討（まずは税理士に税額シミュレーションを依頼）

Q2: 分院の開設予定はあるか？

• あり → 法人化を強く推奨（個人開設では管理者の常勤義務により原則1か所のみ。法人であれば複数開設が可能） → Q4へ
• なし → Q3へ

Q3: 事業承継の予定はあるか？

• あり（子息への承継、第三者への譲渡等） → 法人化を推奨（個人開設では開設者の死亡で廃止。法人であれば理事長交代で継続可能） → Q4へ
• なし → Q4へ

Q4: 退職金制度を整備したいか？

• はい → 法人化を推奨（法人化すると役員退職金を経費計上可能。個人事業主には退職金制度がない） → Q5へ
• いいえ → Q5へ

Q5: 法人化のコスト・管理負担を許容できるか？

• 許容できる → 法人化を進める（下記の設立費用の内訳と設立認可手続きを参照）
• 許容できない → 当面は個人事業を継続し、事業規模の拡大に合わせて再検討

設立費用の内訳

医療法人の設立に要する費用の主な費目は以下のとおりである。金額は都道府県や法人の規模、依頼先により大きく変動するため、管轄の都道府県・法務局・依頼予定の専門家に個別に確認されたい。

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社団医療法人と財団医療法人の違い

医療法人は、その組織構成の基礎が「人の集合（社団）」であるか「財産の集合（財団）」であるかにより、大きく2類型に分かれる。

組織形態の比較

法人数は、厚生労働省「種類別医療法人数の年次推移」の令和8年3月31日現在の数値（総数59,893法人）である。

社団医療法人の特徴

社団医療法人は、社員の集合体として組織される医療法人である。社員は法人の最高意思決定機関である社員総会を構成し、各社員は出資の額にかかわらず各1個の議決権を有する（医療法第46条の3の3第1項）。これは株式会社における出資額に応じた議決権とは根本的に異なる点である。

社員総会の決議事項には以下が含まれる。

財団医療法人の特徴

財団医療法人は、個人または法人が医療事業のために財産を寄附することにより設立される（設立の認可は医療法第44条）。社員総会は存在せず、評議員会が置かれる。

財団医療法人では、理事会が業務執行の意思決定を行う。役員は評議員会の決議によって選任され（医療法第46条の5第3項）、理事長は、予算・借入・合併・分割など一定の行為をするには、あらかじめ評議員会の意見を聴かなければならない（医療法第46条の4の5）。

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持分あり医療法人と持分なし医療法人

2007年の医療法改正（いわゆる第5次医療法改正）による転換

2007年（平成19年）4月1日施行の医療法改正（いわゆる第5次医療法改正）により、新たに設立する医療法人はすべて持分なしとされた。これは、医療法人の非営利性を徹底する趣旨に基づく改正である。改正前に設立された持分あり医療法人は「経過措置型医療法人」として存続が認められている（良質な医療を提供する体制の確立を図るための医療法等の一部を改正する法律（平成18年法律第84号）附則第10条の2）。

持分あり・持分なしの比較

法人数は、厚生労働省「種類別医療法人数の年次推移」の令和8年3月31日現在の数値である。

持分なし医療法人への移行促進

厚生労働省は、持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を促進するため、以下の施策を実施している。

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設立認可手続きの実務フロー

設立認可の全体像

医療法人の設立は、主たる事務所の所在地の都道府県知事の認可を要する（医療法第44条第1項）。認可後、主たる事務所の所在地において設立登記を行うことにより法人として成立する（医療法第46条）。

設立認可手続きのフロー

以下は社団医療法人（持分なし）の標準的な設立手続きフローである。都道府県により差異がある。

施設基準の届出: 保険医療機関の指定を受けた後は、算定を予定する診療報酬の施設基準に係る届出を地方厚生局に行う必要がある。令和8年度診療報酬改定（令和8年度の改定率+2.41%、令和8・9年度の2年度平均では+3.09%。2026年6月1日施行）の施設基準の全体像については「令和8年度診療報酬改定の全体像と施設基準の基礎」を参照されたい。

実務上の注意: 認可申請の受付回数・時期は都道府県ごとに異なる。東京都は令和8年度の設立等の受付を年2回（第1回：令和8年8月31日〜9月4日、第2回：令和9年3月11日〜17日）としており、大阪府も受付回数を年2回としている。スケジュールは事前に管轄の医務主管課に確認する必要がある。設立認可から開設届提出までの全体の所要期間も、都道府県の受付日程により異なる。

設立認可の主要要件

設立認可に必要な書類

必要書類は、医療法施行規則第31条が定める法定書類と、都道府県が運用上求める書類とに分けて整理する必要がある。

法定書類（医療法施行規則第31条）

このほか、医療法第42条第4号又は第5号の業務を行おうとする場合には、当該業務に係る施設の概要等を記載した書類が必要となる（同条）。

都道府県の運用書類の例（都道府県により異なる）

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定款変更の認可申請と届出

定款変更の分類

医療法人の定款（財団医療法人の場合は寄附行為）の変更は、原則として都道府県知事の認可を受けなければ効力を生じない。ただし、厚生労働省令で定める事項に係る変更は認可の対象から除かれ、届出で足りる（医療法第54条の9第3項）。社団医療法人が定款を変更するには社員総会の決議によらなければならず（同条第1項）、財団医療法人が寄附行為を変更するには、あらかじめ評議員会の意見を聴かなければならない（同条第2項）。

認可が必要な定款変更事項の例

届出で足りる定款変更事項の例

実務上の注意: 認可が必要な変更と届出で足りる変更の区分は、医療法、施行規則及び各都道府県の運用指針に基づく。上記の表は一般的な例であり、判断に迷う場合は、管轄の都道府県医務主管課に事前確認を行うべきである。

定款変更認可申請の手続き

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合併・分割の手続き

合併の種類と法的根拠

医療法人の合併には、吸収合併と新設合併の2種類がある（医療法第57条〜第59条の5）。

合併手続きのフロー

債権者保護手続きは、合併の認可の通知を受けた後に行う（財産目録及び貸借対照表の作成の期間内に公告・催告を行う）。条文は「公告」と定めるのみで、公告の方法を官報に限定してはいない。

分割の種類と法的根拠

医療法人の分割には、吸収分割と新設分割の2種類がある（医療法第60条〜第61条の6）。なお、第60条は「社会医療法人その他の厚生労働省令で定める者を除く」と定めており、社会医療法人は同条の分割の対象とならない。

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解散と残余財産の帰属

解散事由

医療法第55条第1項は、社団たる医療法人の解散事由を以下のとおり列挙している。

財団たる医療法人の解散事由は第55条第3項に定められており、寄附行為で定めた解散事由の発生のほか、第1項第2号、第4号、第6号又は第7号の事由がある。

残余財産の帰属

持分なし医療法人の残余財産の帰属先は、定款または寄附行為において定める必要がある。医療法第44条第5項は、定款で残余財産の帰属すべき者を定める場合、以下のいずれかから選定しなければならないと規定している。解散した医療法人の残余財産は、合併及び破産手続開始の決定による解散の場合を除くほか、定款又は寄附行為の定めるところにより、その帰属すべき者に帰属する（医療法第56条第1項）。

経過措置型（持分あり）医療法人の場合、退社した社員は出資額に応じた払戻しを請求でき（定款の定めによる）、解散時の残余財産も出資額に応じて分配される。この点が、現在新設が認められている持分なし医療法人との最大の相違点である。

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社会医療法人・特定医療法人の要件

医療法人のうち、一定の公益性の高い要件を満たす法人は、社会医療法人または特定医療法人の認定を受けることができる。

社会医療法人の要件

社会医療法人は、医療法第42条の2に基づき、救急医療等確保事業を実施し、一定の要件を満たす医療法人として都道府県知事が認定するものである。

特定医療法人の要件

特定医療法人は、租税特別措置法第67条の2に基づく税制上の制度であり、医療法上の類型ではない。国税庁長官の承認を受けた医療法人が対象となる。要件の詳細は厚生労働省「特定医療法人制度について」で確認されたい。

社会医療法人と特定医療法人の比較

なお、令和8年度診療報酬改定では急性期病院一般入院料（A・B）が新設された。詳しくは「急性期病院一般入院料の施設基準比較」を参照されたい。

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医療法人のガバナンス体制

医療法人のガバナンスに関する制度は、平成27年法律第74号による医療法改正（いわゆる第6次医療法改正。2016年9月1日と2017年4月2日の2段階で施行）を経て整備されてきた。一定規模以上の医療法人には、会計基準の適用や外部監査が求められる。

機関設計の比較

外部監査の対象となる基準は、医療法第51条第2項に基づく医療法施行規則第33条の2が定めている。

事業報告等の作成義務

作成した事業報告書等は、毎会計年度終了後3か月以内に都道府県知事へ届け出る（医療法第52条）。社員総会では貸借対照表・損益計算書を承認し、その他の書類は報告する（医療法第51条の2第3項・第4項）。

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2026年の制度改正と最新動向

MCDB（医療法人経営情報データベース）の報告義務と第三者提供

2023年（令和5年）8月に施行された改正医療法により、医療法人（厚生労働省令で定める者を除く）は、当該医療法人が開設する病院又は診療所ごとに、その収益及び費用その他の厚生労働省令で定める事項を都道府県知事に報告する義務を負うこととなった（医療法第69条の2第2項）。施行は令和5年法律第31号附則第1条第2号により令和5年8月1日、適用は令和4年9月1日以後に開始する会計年度からである（同法附則第13条）。報告されたデータはMCDB（Medical Corporation Database：医療法人経営情報データベース）に蓄積される。

第三者提供の根拠規定（医療法第69条の4）は2026年4月1日に施行されている。実際の提供の運用開始時期や申出の方法は、厚生労働省の案内を確認されたい。

認定医療法人制度の期限延長

持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を支援する認定医療法人制度（良質な医療を提供する体制の確立を図るための医療法等の一部を改正する法律（平成18年法律第84号）附則第10条の3）について、以下の改正が行われた。

注記: 移行完了期限の緩和（3年→5年）は2023年（令和5年）の医療法の改正による措置であり、税制改正ではない。認定申請期限の延長（2026年12月31日→2029年12月31日）は、2025年12月の法改正による措置であり、異なる時期の改正である点に注意が必要である。

この改正により、持分あり医療法人（全医療法人の約58.6%、35,104法人）が持分なし医療法人への移行を検討する時間的余裕が確保された。特に、事業承継を控えた医療法人にとっては、相続税・贈与税の納税猶予措置を活用しながら計画的に移行を進められるメリットがある。

なお、持分ありの出資評価は財産評価基本通達を準用する側面があり、国税庁は2026年4月に非上場株式の評価ルールを見直す専門委員会を設置した。持分評価の今後を見据える際は、非上場株式の相続税評価 2027年度改正議論も併せて確認しておきたい。

地域医療連携推進法人の拡大

地域医療連携推進法人制度（医療法第70条）は、地域の医療機関が法人格を持つ連携組織を設立し、病床の融通や医師の派遣等を共同で行う仕組みである。

地域医療連携推進法人は、一定の要件に該当する場合に限り出資を行うことができる（医療法第70条の8第2項）。この出資に関する規定は2024年4月の改正以前から存在し、2024年4月施行の改正の要点は参加主体の拡大である。

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今すぐやること：医療法人制度対応チェックリスト

最優先：すぐに対応

• MCDB経営情報報告の準備（経理部門）：自法人が報告の対象か（租税特別措置法第67条第1項を適用していないか）を確認し、対象の場合は決算後3か月以内（医療法第51条第2項の医療法人は4か月以内）の期限に間に合うよう準備する。3月決算法人は6月末が報告期限
• 認定医療法人の移行検討開始（理事長・顧問税理士）：持分あり医療法人は、出資持分の評価額と相続税負担の試算を税理士に依頼し、持分なしへの移行要否を判断する

重要：早めに

• 認定医療法人の移行計画策定（顧問税理士・弁護士）：認定申請期限は2029年12月31日だが、準備に時間を要するため、早めに移行スケジュールと出資持分放棄の合意形成プロセスを設計する
• 地域医療連携推進法人への参加検討（理事会）：連携推進法人の連携推進方針・参加法人の義務内容を確認し、自法人の経営方針との整合性を評価する

中期：年度内

• ガバナンス体制の再点検（事務局長）：社員総会・理事会の運営が医療法及び「医療法人の機関について」通知に適合しているか確認し、議事録の作成・保管体制を整備する
• 定款の見直し（顧問行政書士）：残余財産の帰属先の具体化、役員定数の適正化など、現行定款の内容を最新の法改正・運用基準に照らして点検する

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よくある質問（FAQ）

免責事項

本記事の内容は、2026年10月時点で施行されている医療法その他関係法令・通知に基づき、一般的な情報提供を目的として作成したものである。個別の医療法人の設立・定款変更・合併等の手続きにおいては、管轄の都道府県医務主管課の運用基準、地域の医療計画との整合性、個別の事実関係等により、本記事に記載した内容と異なる取扱いとなる場合がある。

具体的な案件の遂行にあたっては、必ず管轄の都道府県担当課への事前相談を行うとともに、医療法に精通した弁護士、行政書士、税理士等の専門家に助言を求めることを推奨する。

本記事の情報に基づいて行った行為により生じた損害について、筆者及び運営者は一切の責任を負わない。

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参考文献・法令等

法令

• 医療法（昭和23年法律第205号）第39条〜第61条の6、第69条の2、第69条の4、第70条〜第70条の23
• 医療法施行令（昭和23年政令第326号）
• 医療法施行規則（昭和23年厚生省令第50号）第30条の35の3、第31条、第33条の2、第38条の4〜第38条の6
• 組合等登記令（昭和39年政令第29号）第2条、第3条
• 租税特別措置法（昭和32年法律第26号）第67条の2、第70条の7の9、第70条の7の10
• 法人税法施行令（昭和40年政令第97号）第5条第1項第29号
• 良質な医療を提供する体制の確立を図るための医療法等の一部を改正する法律（平成18年法律第84号）附則第10条の2、附則第10条の3、附則第10条の4

厚生労働省通知・ガイドライン

• 「医療法人の機関について」（平成28年3月25日医政発0325第3号厚生労働省医政局長通知）
• 「医療法人運営管理指導要綱」（最終改正：令和2年4月1日医政発0401第27号）
• 「医療法人の設立認可等について」（平成19年3月30日医政発第0330049号）
• 「持分の定めのない医療法人への移行に関する計画の認定制度について」（令和2年10月1日医政発1001第14号）
• 厚生労働省「医療法人制度について」ウェブページ（https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/igyou/index.html）

参考資料

• 厚生労働省「種類別医療法人数の年次推移」（令和8年3月31日現在。https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/001714098.pdf）
• 厚生労働省「特定医療法人制度について」
• 厚生労働省「地域医療連携推進法人制度について」（2026年7月1日現在の認定法人一覧）
• 厚生労働省「モデル定款・モデル寄附行為」
• 各都道府県医療法人設立認可の手引き（東京都福祉保健局、大阪府健康医療部等）